日本のとある地方都市「冬木市」に数十年に一度現れるとされる、持ち主のあらゆる願いを叶える「聖杯」。7人の魔術師（マスター）は7騎の使い魔（サーヴァント）と契約し、聖杯を巡る抗争「聖杯戦争」に臨む。聖杯を手にできるのはただ一組、ゆえに彼らは最後の一組となるまで互いに殺し合う。
簡単におさらい！あらすじ紹介
意志
遠坂凛は、前回の聖杯戦争で命を落とした父の遺志を継ぎ、聖杯戦争に挑もうとしていた。凛はサーヴァントの召喚を万全の状態で行おうとしたものの、家の時計がずれていた事を忘れていたために、サーヴァントは別の部屋に召喚されてしまい、その部屋へ駆け付けるとそこには瓦礫（がれき）の上にふんぞり返る男がいた。彼は凛のサーヴァントであるにも関わらず、凛の言うことを聞かずに挑発する態度を取ったため、業を煮やした凛は令呪を使って言うことを聞かせるという暴挙に出てしまう。その効果は薄かったものの、彼は凛を認め自身のクラスはアーチャーだと答える。
口封じ
その後、学校に結界が張られていることに気付き、学生の居ない夜間に調査を開始するが、そこに敵のサーヴァント・ランサーの妨害が入り戦うこととなる。アーチャーは弓ではなく双剣で対抗し緊迫した雰囲気になるが、この戦いを学生に目撃された事により、ランサーが口封じのためにその学生を殺害する。これにより、この戦いは流れランサーに殺害された学生を凛が確認すると、その学生は凛の顔見知り・衛宮士郎だった。凛は、士郎に出来る限りの蘇生を施してその場を後にするが、ランサーが見逃すハズは無いだろうと士郎の家に向かうも、そこで新たに現れたサーヴァントに奇襲されたアーチャーが倒れ、見えない武器を突き立てられる。
セイバー
そのサーヴァントは小柄な金髪の少女で、凛が真に望んでいたサーヴァント・セイバーだった。士郎は10年前（1994年）に起きた冬木大災害の生き残りで、半人前の魔術師として暮らしていた。高校生になっていた士郎はある日、夜の学校で偶然にもアーチャーとランサーによるサーヴァント戦を目撃したことから、ランサーに殺されてしまう。しかし、直後に凛によって蘇生の魔術を施され自宅へ帰っていたが、自宅へやって来たランサーに驚き庭にある蔵へ逃げ込むも、ランサーに追い詰められる。その時、蔵の床に描かれていた魔法陣によって、偶然にもサーヴァントの1人・セイバーが召喚され、士郎自身も聖杯戦争に巻き込まれることとなる。亡き養父・衛宮切嗣のような「正義の味方」になりたいと願う士郎は、無関係な一般人の犠牲者を増やさないために聖杯戦争に参加することを自発的に決意する。紆余曲折の末、凛やアーチャーと同盟を結ぶことになった士郎とセイバーだったが、士郎はアーチャーと反りが会わず、アーチャーからも 「理想を抱いて溺死しろ」とまで告げられる。それでも士郎は何故かアーチャーの刀や剣技に惹かれていくのだった。冬木市内で魔力を集めるために暗躍するキャスターは士郎を柳洞寺におびき出して自分と手を組むよう迫るが、士郎は乗り込んできたアーチャーとセイバーに救われる。その際、柳洞寺の山門の守護にあたっていたアサシンは実はキャスターの傘下にあったことが判明する
キャスターのマスター
さらに士郎と凛は学校に張られた結界の対応にあたるが、結局結界は発動し、その後の戦闘の中で結界を張っていたライダーが何者かに敗れて脱落する。キャスターのマスターは実は凛の担任教諭・葛木宗一郎であり、ライダーを斃（たお）したのは彼だった。キャスターの策略によりセイバーと士郎との契約は断たれ、セイバーの令呪はキャスターに奪われてしまう。サーヴァントを失った士郎だったが、なおも単身で聖杯戦争を続行する。
続いてアーチャーが離反してキャスターに与し、孤立した凛は士郎と行動を共にして打開策を練る。同盟相手を模索してアインツベルンの城を訪れるが、そこで士郎たちはバーサーカーが間桐慎二率いるギルガメッシュに敗れ、イリヤスフィールも心臓を抉られて殺害されるという場面に遭遇する。途方に暮れる2人だったが、ランサーの協力を得たことで再びキャスターに挑む。苦戦を強いられる士郎たちだったが、裏切ったアーチャーによってキャスターと葛木は倒される。しかしアーチャーは凛の元へは戻らず、士郎にその刃を向ける。そこでアーチャーの目的が士郎の殺害であるということが判明する。そこで凛は救出されたセイバーと再契約して危機を脱するが、アーチャーの宝具と言わしめる魔術、固有結界「無限の剣製（アンリミテッドブレイドワークス）」を見せつけられ、決闘を条件として凛を攫（さら）われてしまう。
アーチャーの正体
アインツベルンの城で、アーチャーの正体は未来において英雄になった衛宮士郎であること、またその末路を聞かされ、お前の理想は間違いだったと告げられるが、士郎はそれを否定し対決する。一方で拘束されていた凛はランサーによって救出されるが、ランサーはマスターである言峰と相打ちになって果てる。未来の自分の姿であるアーチャーに士郎は苦戦し、またアーチャーは士郎の理想を衛宮切嗣の借り物にすぎないと否定して士郎を追い詰めるものの、士郎もまたその理想が間違いではないという信念を貫く。その様を見たアーチャーはかつての自分を思い出して次第に手が止まり、最後は士郎を認め敗北する。そして終結の最中に突如として現れたギルガメッシュの攻撃から士郎を庇（かば）い「お前が倒せ」と言い残してアーチャーは消える。柳洞寺にてギルガメッシュは聖杯の器であるイリヤスフィールの心臓を慎二に埋め込んだ不完全な聖杯、アヴェンジャーを現界させる。士郎と凛は聖杯のもとへ、セイバーはギルガメッシュのもとへと二手に別れて向かうが、士郎達の前にギルガメッシュが現れ、セイバーはなおも山門を守護していたアサシンに阻まれる。
士郎VSギルガメッシュ
凛は慎二の救出へと走り、そして士郎はギルガメッシュと対峙（たいじ）する。ギルガメッシュの圧倒的な力に劣勢を強いられる士郎であったが、アーチャーの固有結界である「無限の剣製」を自身の手で発動させたことによって形勢を逆転させ、ギルガメッシュを追い詰める。一方、凛は消滅を免れていたアーチャーの援護もあり、聖杯の核となっていた慎二の救出に成功し、アサシンを破ったセイバーの宝具によって聖杯も破壊された。
核を失った聖杯は、士郎と交戦中だったギルガメッシュを新たな核として取り込もうとするが失敗し、ギルガメッシュを巻き込んで消滅する。そしてアーチャーは凛に士郎の後事を託し、満足しながら消滅する。その後、日常に戻った士郎は理想の自分と対峙したことを感慨深く振り返り、理想を追い求める決意を固める。そして、アーチャーもまたかつての自分と対峙したことを抱きつつ、正義の味方になることを誓った切嗣との思い出の光景を浮かべながら、「それでも―俺は、間違えてなどいなかった―」と口にし、自分を受け入れていくのだった。
簡単におさらい!用語解説
聖杯
「万能の釜」や「願望機」とも呼ばれる手にする者の望みを実現させる力を持った存在
冬木の聖杯は聖堂教会に観測された第726個目の聖杯候補であり、表向きは真贋（しんがん）の判断が付いていないことになっている。しかし、実は失われた第三魔法・魂の物質化、天の杯を再現するために作られた贋作（がんさく）であるとの判定はできている。聖杯自体は実体を持たず、魔術回路を持つ存在を「器」として、サーヴァントの魂が溜まった「器」に降霊することで現われる。
ただし、広義的に見て願いを叶える「願望機」としての役割も器は確かに備えており、サーヴァント5体以上の死亡による儀式の完成によってもたらされる膨大な魔力を用いれば大抵の願いは叶えることが可能なので、実質的には真作の聖杯を手にしたのと変わらない。そのため、実際は贋作と分かっていてなお、魔術協会が主催を務め、聖堂教会が監督役を派遣して「聖杯戦争」を見守っている。
しかし、第三次聖杯戦争においてルールを破って召喚されたあるサーヴァントが原因で、聖杯が溜め込む「無色の力」は汚染されて「人を殺す」という方向性を持った呪いの魔力の渦と化すようになり、それ以降、冬木の聖杯は全ての願いを「人を殺す」という結末に拡大解釈する欠陥品になってしまっている（「大金を願えば、金持ちを殺しつくしその富を奪う」など）。こうして聖杯の中に淀み始めた黒い泥は、触れたものの魂を汚染してしまい、サーヴァントさえも性格を悪しき方向へと反転させ暴走状態にしてしまう。これを黒化と呼ぶ。
天の杯（ヘブンズフィール）
物質界において唯一、永劫不滅でありながら肉体という枷（かせ）に引きずられる魂を、それ単体で存続できるよう固定化させる魔法。本来、三次元世界上の法則には従わず、物質世界では存在できないものである「魂」の次元を上げる、いわば「高次元の魂」を創造する魔法で、これによって魂は物質界より次元の高い概念世界である星幽界に属することになり、物質世界からは絶対に手出しできない無敵状態となって、肉体は星幽界からラジコン操作のように操られることになる。1つの魂が一度に操ることのできる肉体は1つだけで、ほかの魂を宿している肉体を強引に奪うことはできないなどの制約はあるものの、要は魂が寿命を迎えるまで死ぬことがないようにする魔法である。
令呪（れいじゅ）
聖杯により与えられるマスターの資格で、自らのサーヴァントに対する絶対命令権。
腕のどこかに3画の聖痕として現れ、3回までの命令が有効。個人によって形状の差異はあるが、使用するたびに1画ずつ消えていくと言う共通点を持ち、いずれも強大な魔力が込められている。命令が具体的なものであればあるほど強制力が大きく、また、場合によっては本来なら不可能な行為（例：数kmの瞬間移動）を可能にすることもできる。逆に、命令が曖昧（あいまい）で長期に渡る具体性のないもの（例えば、常にマスターの命令通りに行動させるなど）である場合は効果が薄くなり、少なからずペナルティはかかるものの、命令に逆らうことも出来る。令呪を使い果たしたとしてもサーヴァントが裏切らなければ契約自体は維持できるが、もし裏切れば自分のサーヴァントに殺害されることもあるので、基本的に使い果たすのは推奨されない。ただし、それも方便で本当の意味は別にある。
宝具（ほうぐ）
人間の幻想を骨子にして作り上げられた武装のこと。
英霊は、生前彼らが持っていた武器や固有の能力・魔術・特徴、あるいは彼らを英霊たらしめる伝説や象徴が具現化したモノとして、伝承由来の宝具を持つ。宝具には、具体的な武具の形を取らず、身体能力として常時発動するようなものも含まれることがある。ひとりの英霊が持つ宝具の数は、その英霊の伝承の数や種類によって異なる。
基本的に宝具には魔力を注ぎ宝具の真名を口にすることで宝具に秘められた真の力を発現させる「真名開放」がある。この攻撃は、英霊より格上である存在（時には、幻想種最強の竜種）を倒すことも可能とされる。全ての宝具に真名開放があるわけではない。能力の発動は任意の発動から使用条件といったものもある。また、武器などの現存する宝具もあるが、それらは一種の概念武装ではあるが宝具としての能力はなく、あくまでもその武器を象徴する使い手のサーヴァントが手にすることでのみ、宝具と成り得る。
触媒・聖遺物
サーヴァントの召喚において、特定の英霊を召喚したい場合にはその英霊に縁のある聖遺物を触媒として用いることでその英霊の召喚が可能。ただし、触媒が縁として弱い物、或いは触媒なしで召喚した場合には召喚者であるマスターと性格や人生が似通った英霊が召喚される。例えば、アルゴー船の残骸を触媒とした場合には船長であるイアソンを始め、「最強の大英雄」、「裏切りの魔女」、「医術の神」、「純潔の狩人」、円卓の欠片を用いれば「騎士王を含めた全ての円卓の騎士」と大勢の候補からマスターに最も似通った英霊が召喚される。また、召喚される側がマスターと縁のある品を所持していればその英霊が召喚されるという希少例も存在する。
本編では士郎の体内に埋め込まれた聖剣の鞘が縁となってセイバーが召喚、命を救われた士郎が生涯持ち続けた凛のペンダントが縁となってアーチャーが召喚された。並行世界に当たる『Fate/Apocrypha』では冬木の聖杯戦争のシステムが外部に漏れたために世界中でこれを再現したシステムの聖杯戦争が行われるようになったことでサーヴァントを喚ぶための聖遺物は離散しており、その中でも知名度としても非常に高い『英雄王』、『騎士王』、『征服王』 の触媒は行方知れずとなっており、その触媒を求めた魔術師も嘆いていた。
簡単におさらい！あらすじと大切な用語をご紹介 まとめ
いかがでしたか？アニメ版も、劇場版もあるFate stay night Unlimited Blade Works。見たことある方も、そうでない方もぜひご覧ください！
